Shantae and the Pirate’s Curse zal een direct vervolg zijn op het vorige deel, Shantae: Risky’s Revenge, en zal dan ook doorgaan waar het vorige spel eindigde. Shantae probeert zich aan te passen aan het feit dat ze geen geest meer is en gelijktijdig zal ze Scuttle Town proberen te verdedigen van de aanvallen van Ammo Baron. Risky Boots, de gezworen aartsrivaal van Shantae, klopt aan bij Shantae voor hulp.
Shantae heeft echter haar eigen problemen: haar magische krachten zijn gesplitst in 30 kleine stukken en deze zijn naar Risky’s bemanning gegaan. Deze bemanning heeft al snel Risky van haar boot gegooid en muiterij gepleegd. De bemanning heeft koers gezet naar Risky haar oude mentor, The Pirate Master. Risky en Shantae moeten wel samenwerken om de oude bemanning van Risky tegen te houden van het vrijlaten van de gevaarlijke Pirate Master. Shantae en Risky zullen alle 30 bemanningsleden moeten verslaan om zo Shantae haar kracht weer terug te geven.
