In Blaster Master Zero ontdekt het genie Jason Frudnick een vreemd wezen dat hij nog nooit eerder heeft gezien. Er is nog niets over bekend. Jason noemt het wezen Fred en neemt hem mee naar zijn lab. Wanneer daarna een ongeluk plaatsvindt en Fred uit het lab weet te ontsnappen, springt Jason een gat in dat uit het niets verscheen. Daar wacht het gevechtsvoertuig Sophia III op hem en gaat Jason in een grootse onderaardse wereld op zoek naar Fred.
